El caserío Igartubeti vivió un importante proceso de transformación a comienzos del siglo XVII que le llevaría a adoptar su fisonomía actual, adaptándose a nuevas necesidades productivas y a nuevas exigencias de confort planteadas por sus habitantes. A diferencia de lo que había ocurrido en el tránsito de la cabaña medieval al caserío moderno, esta transformación se produjo sin derribar la obra precedente, sino simplemente agregando al edificio heredado nuevos cuerpos adosados que, aunque acabaron por ocultarlo por completo, lo preservaron casi intacto en su interior. La decisión de ampliar la casa debió de tomarse hacia 1625, probablemente al mismo tiempo que se acordaba el matrimonio entre la heredera del caserío, Catalina de Cortaberria, y su prometido Domingo de Arregui, y no habría que excluir que fuese con la dote nupcial del novio con lo que se costearon los primeros pagos de la obra, ya que esta era una práctica tradicional en el mundo rural vasco.

La ampliación consistió en añadir sendas crujías laterales a ambos lados del edificio y una crujía delantera que le dotaría de un nuevo frontis. El nuevo cuerpo adosado a la fachada se alzaba sobre grandes postes de roble, algunos de ellos reutilizados, procedentes del interior del caserío viejo, y se cerraba con muros de mampostería en sus crujías extremas. Las cuatro crujías centrales, sin embargo, constituían un amplísimo pórtico cubierto en la planta baja, mientras que sobre ella se habilitaba en la planta superior un vasto granero cerrado al exterior con tablas.

El nuevo soportal, luminoso y reparado de la lluvia, con el pavimento enlosado con lajas de piedra negra, se convertía en un espacio idóneo para aparcar el carro y otros aperos pesados, para almacenar leña y para criar animales menores, como gallinas, capones y conejos, pero sobre todo ofrecía unas condiciones inmejorables para desgranar las espigas de trigo a salvo de la lluvia, el viento y la suciedad, y por ese motivo al pórtico se le denominaba "era". La trilla se realizaba bien vareando las mieses con mayales o bien golpeando las gavillas contra una losa de piedra inclinada. Aunque el soportal era una invención muy oportuna para trillar a cubierto, los labradores estaban ya habituados a realizar esta labor en condiciones incómodas y el simple deseo de mejora no hubiese justificado por sí solo el gasto y el esfuerzo constructivo de la ampliación de la casa. Distinta importancia tenía la creación de un gran granero o secadero en la planta alta, que resultaba imprescindible para la producción del maíz, un nuevo cereal que había comenzado a popularizarse en los campos vascos tan solo un par de décadas antes. En efecto, las mazorcas importadas de América requerían un tratamiento muy diferente al del trigo y el mijo para poder ser transformadas en harina e incorporadas a la alimentación familiar. Así como el trigo se podía moler nada más terminar la cosecha o conservarse a salvo de los roedores en un troje cerrado, seco y oscuro, y extraer paulatinamente las cantidades necesarias para llevarlas al molino, con el maíz este procedimiento era imposible. La "borona de las Indias" o el "mijo de los moros", como era denominado inicialmente, no podía molerse en verde y necesitaba de varias semanas de secado antes de llevarse al molino, a riesgo de que las muelas se empastasen y la maquinaria pudiera llegar a averiarse. Este secado debía realizarse extendiendo las mazorcas en una superficie cubierta y muy ventilada, porque si se apilaban o entrojaban el riesgo era que fermentasen y resultasen incomestibles. El secado tampoco podía prolongarse demasiado, porque muy pronto las panochas criaban "mariposa", un parásito que las devoraba con rapidez, de modo que una vez curadas era necesario desgranarlas en pocos días, lo que solía hacerse en grandes y animadas veladas familiares al anochecer, o incluso turnándose para reunirse con varios vecinos de los caseríos más próximos.

La difusión del maíz implicó la desaparición de muchos seles invernales, los que se situaban en las proximidades de los caseríos y cerca de los fondos de valle, cuyas parcelas fueron dedicadas al nuevo cultivo. Con ello se reducían los recursos de pasto al aire libre y se obligaba al ganado a permanecer más tiempo encerrado en los establos, con la consiguiente necesidad de aumentar la cantidad de forraje necesario para alimentarlo. Al mismo tiempo el maíz sustituyó al mijo en los campos vascos, lo que no sólo supuso un cambio en la dieta humana, sino también en la animal, ya que a las vacas se las cebaba durante el invierno con manojos de paja de mijo. A raíz de estos cambios trascendentales en la estructura de la agricultura local a muchos de los caseríos pequeños o de tamaño medio construidos durante el siglo XVI, como era el caso de Igartubeiti, el espacio de que disponían en el pajar les empezo a resultar insuficiente para almacenar toda la cantidad de heno que necesitaban para dar de comer a sus animales. Si no había sitio para apilar la hierba, mucho menos lo había para poder extender las mazorcas de maíz sobre la tarima con suficiente holgura como para evitar que fermentasen. De este modo, la idea de añadir un cuerpo delantero a la casa vieja y dedicar toda la superficie de la planta superior del mismo a granero y secadero de maíz prendió con un éxito extraordinario en miles de caseríos que se renovaron durante los siglos XVII y XVIII.

Igartubeiti fue uno de los pioneros en esta oleada de modernización de las antiguas granjas dedicadas al trigo, el mijo y la sidra. La obra se realizó minimizando los costes y utilizando la madera como material de construcción para casi toda la fachada delantera. El resultado fue un gran castillete de tablas que prolongaba la linea de cumbrera y las pendientes de la cubierta de la casa vieja, cuya fachada original quedaba ahora convertida en un mamparo de tabicaje interior que separaba al pajar y lagar del nuevo granero. A este nuevo espacio se traladaron los pesados trojes de trigo, liberando por completo el pajar, y en él se colocó un nuevo artilugio: la mesa de desgranar maíz, medio tronco hueco con el fondo perforado por múltiples orificios. En ella se introducían las mazorcas y se las golpeaba con mazos de madera hasta lograr que se desprendieran los granos y cayeran al suelo a través de los agujeros. La fachada disponía de ventanas para facilitar la ventilación, y las propias tablas de cerramiento, clavadas al entramado y dispuestas con los cantos a tope, permitían una constante circulación de aire que no se hubiese podido lograr con los antiguos atablados machihembrados.