Cuando se construyó Igartubeiti los primeros caseríos-lagar llevaban ya más de cuarenta años funcionando satisfactoriamente en Gipuzkoa, prensando cada uno entre tres y cuatro mil kilos de manzana cada año. El modelo se encontraba ya normalizado y se reproducía siguiendo una plantilla común en cientos de ejemplares, sin apenas variaciones en sus piezas y en sus medidas fundamentales, aunque con un número limitado de versiones que tan solo se diferenciaban por el sistema de contrapeso del tornillo y por el tipo de bernia que regulaba el ángulo de presión de la palanca. En este sentido, la construcción de Igartubeiti no sólo no aportó ninguna novedad técnica o arquitectónica, sino que ni siquiera debió de llamar particularmente la atención de sus coetáneos. En contrapartida, si de algo puede ser un buen testigo este caserío de los Igartua es del proceso de popularización de un modelo arquitectónico que había nacido vinculado a las explotaciones agrarias con mayor poder económico y que a lo largo de un siglo se implantó entre todos los labradores guipuzcoanos, independientemente de su nivel de rentas. Una divulgación tan generalizada, sobre todo ente los campesinos con rentas más bajas, sólo podía lograrse abaratando los costes de producción del edificio o mejor aun, ofertando una gama escalonada de precios y calidades de distintos tipos de caseríos capaces de satisfacer las ambiciones y necesidades de cada uno de los diferentes estratos económicos de la sociedad campesina local.

Los Igartua reedificaron su casa hacia 1540, y lo hicieron de manera correcta, aunque marcándose un presupuesto de gastos moderado. El nuevo caserío tenía apenas 200m2 de planta, exactamente la mitad del edificio actual, pero sin duda mucho más que la cabaña medieval. No sólo era más pequeño que la mayor parte de sus congéneres renovados en las décadas anteriores, sino que además resultaba mucho más pobre en materiales constructivos. En la nueva casa de Igartua tanto la estructura interna, como los tabicajes y la mayor parte de los cerramientos exteriores estaban realizados en madera. La presencia de muros de piedra se limitaba a un breve zócalo en la fachada principal y en la oriental, mientras que las paredes se alzaban para proteger toda la planta baja en el flanco occidental y en la cara zaguera. Eran muros de mampostería de laja tabular concertada, con buena carga de argamasa rejuntada a boca de paleta. En su ejecución no intervino ningún oficial de cantería, ya que los mampuestos eran piezas sacadas de la veta natural de cantera, desbastadas y asentadas sin labrar. Toda la obra parece haber estado proyectada y dirigida por un maestro en carpintería de armar, una situación muy frecuente en los caseríos de tipo medio hasta fines del siglo XVII.

Como alternativa a las paredes de piedra, en el caserío de los Igartua se utilizaron con profusión los mamparos de tabla de raja machihembrada, colocada en sentido vertical en sucesivos registros ensamblados en vigas puente acanaladas. Estos "tablados" eran una de las opciones más frecuentes en la arquitectura vasca del siglo XVI y se utilizaban de manera generalizada para la compartimentación interna de todos los edificios de habitación, independientemente de su categoría social. Como cerramiento exterior para las áreas de la casa que no estuviesen dedicadas exclusivamente al almacenaje se consideraban, sin embargo, una solución de compromiso barata, aunque perfectamente admisible en las casas modestas. Incluso las ordenanzas municipales de construcción de la época preveían el uso indistinto de los muros de piedra o los paneles de tablazón para las mismas funciones constructivas, tal y como se constataba en Soraluze en 1513, cuando se requería que "qualesquier personas que fuesen vesinos d'esta villa o hijos de vesinos que quisieren faser y hedificar casa en el suelo e tierra de todo el conçeio que tengan el dicho solar cimentado fasta que quiera faser e faga de madera o de canto en el dicho solar casa con tejado, e que faziendo la dicha casa con tejado sea duenno d’ella commo si de prinçipio fuese suya. No pueda tomar con el solar de tal casa más e allende de lo que ha de cubrir con tejado y de çerrar con tablado o pared. La pared de su casa, agora sea de canto, agora de tabla e madera "..

No sabemos con seguridad quién fue el maestro que planeó y dirigió la construcción del nuevo caserío de los Igartua, aunque por el diseño general de plantas y por las técnicas de cantería y carpintería utilizadas puede situarse esta reedificación en torno a los años centrales del siglo XVI. Por estas fechas comienza a detectarse en el entorno la prolífica actividad profesional de "maese Joan de Beisagasti", un carpintero local que entre otras obras de caseríos realizó la ampliación de Egizabal (Itxaso), también con fachada de tablazón machihembrada, como se recogía explícitamente en su contrato de obra: "El dicho Joan tiene cierta tabla serrada en su casa; que aquella el dicho Joan pegue a la cassa de Eguiçaval por la parte de fuera la que hubiere menester, cosido hecho macho y embra y bien juntada". Es posible que dada la proximidad del caserío de maese Beisagasti a los Igartua le encargasen a él el proyecto de renovación de su vivienda. En cualquier caso, la firma del maestro carpintero que dirigió la obra ha quedado estampada en la viguería del caserío, en forma de marcas personales de ensamblaje: pequeñas muescas realizadas con un golpe de azuela en las aristas de las piezas que van a unirse a caja y espiga o a media madera. Estas marcas eran especialmente visibles en la contrabernia, el poste trasero que soporta la cumbrera del tejado y que recibe a distintas alturas de su recorrido los puentes que forman la estructura del entramado. Cada una de las cajas aparece numerada en orden ascendente desde el suelo al techo mediante estas muescas y, en correspondencia, el mismo número de muescas tendría el extremo de cada una de las vigas horizontales que se introducirían en el poste. Es el sistema denominado de contramarca, en el que se ensamblan entre sí las piezas que lucen señales idénticas. El mismo procedimiento se utilizó para señalar la ubicación de los tornapuntas que arriostran la viga puente que remataba la fachada principal y que hoy es aun visible en uno de los pasos interiores del granero.

La interpretación más lógica del proceso constructivo indica que, como solía ser habitual en el siglo XVI, el maestro que contrataba la obra se encargaba de redactar el proyecto y condiciones de la misma, realizaba el acopio y preparación de materiales con su cuadrilla, y dirigía personalmente el desbaste, corte, azuelado y talla a pie de obra marcando con un punzón afilado la ubicación y dimensiones de las cajas, e identificando con las muescas de azuela las correspondencias de ensamblaje entre las piezas. Cuando todo el maderamen estructural estaba ya preparado se presentaba y ensamblaba en tierra cada uno de los pórticos o alineaciones transversales de postes que a continuación se levantaban solidariamente hasta la posición vertical utilizando sogas, pértigas, poleas, trípodes y cabrestantes, así como la fuerza de tracción de hombres y yuntas de bueyes proporcionadas por el propietario y sus vecinos. Repitiendo este procedimiento tres veces se plantaba en pie toda la estructura vertical del caserío en un solo día de trabajo. Tampoco sabemos con precisión quién era el dueño del caserío en aquel momento, que coincide con una de las fases más oscuras de la vida de Igartubeiti. Algunas referencias documentales indirectas sugieren que quienes promovieron la reedificación del caserío fueron los últimos Igartua que ostentaron ese apellido y que todos fallecieron en breve plazo de tiempo a comienzos de la segunda mitad del siglo XVI. Es posible incluso que durante algunos pocos años el caserío recién construido quedase temporalmente deshabitado. El primer indicio aparece en una asamblea general de todos los propietarios del concejo de Ezkioga celebrada en 1564, a la que curiosamente no acudió ningún representante de Igartua. Tres años más tarde, con motivo de unas obras de reforma de la parroquial de San Miguel, los feligreses de Ezkioga vuelven a reunirse y a pasar lista de todos los vecinos capacitados para contribuir a los gastos de la iglesia, y en ese momento se cita la presencia de un hombre llamado Miguel de Eliçalde que figura como residente en Igartua. En el mismo documento se hace un recuento de las deudas de las que pudiera ser acreedora la parroquia y se anota que los sucesores de algunos difuntos recientes aun deben algunos de los pagos en cera para velones que se acostumbraba a realizar. Entre estos fallecidos aun relativamente recientes en 1567 figuran "Ana de Ygartua y su hermano y padre", y unas líneas más abajo se añade que esta misma Ana de Igartua había dejado al morir una manda testamentaria para el sostenimiento de la iglesia.