Los únicos elementos fijos de la gran cocina eran la caja de escaleras, la percha del llar y el contrapeso del lagar. La escalera estaba situada frente a la puerta de entrada, pero en sentido ortogonal a la misma. Por este motivo se adornaba la única zanca visible desde la entrada con una talla de dientes triangulares que recorre la arista inferior. Tiene los peldaños encajados en rozas laterales y entre escalón y escalón los cantos internos de los banzos se achaflanan con tallas de mondadura para salvar los tobillos de quienes utilicen la escalera, siguiendo una práctica muy difundida en todas las viviendas del País Vasco durante el siglo XVI. El único lateral libre de la escalera, pues el otro se adosa al mamparo de la cuadra, se cerraba con atablado y el acceso a la misma disponía de una puerta con cierre de tarabilla, de modo que la planta alta se aislaba de la cocina y se evitaban las siempre molestas corrientes de aire. La percha de la que pende la cadena del llar con sus garabatos para sostener el caldero de agua y regular su altura sobre el fuego es un poste giratorio con un brazo superior. Posiblemente en el caserío del siglo XVI estuvo situado más cerca de la actual puerta de paso al dormitorio y disponía de una zapata de piedra o madera con quicio, semienterrada en el suelo de la cocina. Era frecuente que estos pescantes estuvieran adosados al muro o incluso colocados sobre una ménsula saliente de una de las paredes, con lo que su radio de giro se limitaba a 180º, pero en el caso de Igartubeiti la exploración arqueológica realizada sugiere que pudo encontrarse exento, aunque en un lateral de la estancia.

El tercer elemento fijo de la cocina, el gran contrapeso del lagar, resulta también el más sorprendente, ya que no existe ningún artefacto similar en ningún caserío del País Vasco. Un gran tornillo vertical de madera perfora el techo de la cocina justo en el eje central del caserío y se lastra en su extremo inferior con una piedra de 1.700 kilogramos de peso. La articulación entre el tornillo y su pesa se realiza mediante un sistema de abrazaderas y cuñas de madera que permiten que el husillo gire libremente en el interior de la piedra, pero que la levante del suelo cuando es roscado a un gran brazo de palanca que se encuentra situado en el piso superior. Una gruesa tranca de madera introducida a través del tornillo permite realizar las maniobras de roscado y desenroscado con la fuerza de una sola persona. El sistema de contrapeso de piedra para lograr una máquina de presión continua es el más común en este tipo de ingenios en toda Europa, pero en el caso de Igartubeiti aun existen dudas de que fuese efectivamente el mecanismo empleado y se ha recreado de este modo más por exclusión de otras posibilidades que por certeza de su existencia. Se sabe que en los caseríoslagar construidos en el País Vasco a lo largo del siglo XVI se pusieron en práctica al menos tres modalidades diferentes de tracción del brazo de palanca. La primera consistía en instalar una base de piedra o madera firmemente anclada al suelo, parcialmente enterrada, de manera que el husillo unido a la misma, pero con capacidad de giro libre, estirase de la palanca al atornillarse a la misma, por no poder arrancar del suelo el contrapeso fijo. Este es un sistema que ha sido documentado, entre otros en el caserío Iribar, de Donostia, el último ejemplar activo de lagar de palanca del País Vasco, que se mantuvo en funcionamiento hasta 1908.

El segundo modelo de sujeción del tornillo consistía en hacer a este solidario aunque permitiendo siempre su giro libre con el poste central de la fachada delantera del caserío, mediante un sistema de abrazaderas o cepos de madera situados en la parte inferior del mismo. El resultado mecánico era similar al anterior, ya que se conseguía impedir el desplazamiento vertical del husillo y al roscarlo se lograba la tracción necesaria para mover el brazo de palanca. El coste, sin embargo, era más reducido, ya que no era necesario excavar un pozo para enterrar el anclaje, ni preparar las grandes piezas de piedra o madera que este requería para permanecer inmóvil ante el tirón ascendente del tornillo. La utilización de este sistema está bien documentada en caseríos de la comarca, que conservan como testimonio del mismo diversas cajas y escotaduras practicadas en la base del poste central de la casa.

La desventaja de ambos modelos, frente a un sistema de contrapeso flotante, es que este último permite realizar una presión continua y con menos esfuerzo sobre la masa de manzanas que se exprimen en el piso alto, mientras que en los sistemas de anclaje fijo la presión se ejercía por "apretones" que era necesario reiterar con ahínco cada vez que se destensaba el mecanismo. Al final se extraía la misma cantidad de zumo, pero en las prensas de contrapeso libre éste fluía de manera lenta y constante, lo que al parecer proporcionaba una sidra de mejor sabor. Mas allá de las ventajas de paladar y rendimiento, ha sido la ausencia de huellas de anclaje en el subsuelo o en el poste principal la que en el caso de Igartubeiti ha motivado la elección del modelo de contrapeso móvil frente a las otras alternativas teóricamente posibles.

Desde la cocina se accedía a la única habitación de que disponía el caserío del siglo XVI. Una estancia rectangular de apenas 30m2 en la que necesariamente convivían durante la noche todos los miembros y generaciones del grupo familiar. Las camas, con armazón de madera y jergones de paja eran siempre compartidas, tanto entre los adultos como, sobre todo, entre los niños y adolescentes de la casa, que dormían apretados en un solo lecho. El resto de la planta baja estaba ocupado por la cuadra, con el espacio situado bajo las grandes vigas del lagar reservado para los bueyes y vacas, la zona trasera para las ovejas y el lateral occidental para almacén de aperos, cubas de sidra, estercolero, y un pequeño recinto delimitado para poder encerrar a la cerda de cría. La estabulación del ganado en el interior de la vivienda supuso un notable cambio respecto a la estructura y tamaño de las casas medievales, en las que no se contemplaba la posibilidad de convivir con otros animales que no fueran uno o dos cerdos y las aves de corral que rondaban las chozas. Tanto la cabaña vacuna como la ovina, así como muchas piaras, eran criadas al aire libre alternando estacionalmente los pastos de altura veraniegos con los seles invernizos de fondo de valle.

En la planta alta del caserío el lagar de sidra tenía una presencia dominante. La masera o plataforma de prensado ocupaba casi la totalidad de la segunda crujía (28 mt2 aproximadamente), las dos parejas de bernias monumentales con sus canales laterales de reglaje y los largos tornapuntas que soportaban la zona central de la armadura de cubierta, dotada de doble cumbrera, determinaban la dimensión vertical del espacio, y la viga de palanca de casi 10 metros de longitud y 0,50 metros de lado constituía un verdadero obstáculo no solo visual para cualquier desplazamiento o trabajo a desarrollar en la mitad delantera de la casa. Es probable que esta viga terminase en una horquilla natural, como es frecuente en otras regiones y como ocurre también en la única pieza histórica de este tipo que se ha encontrado hasta la fecha en el País Vasco.

Con la excepción de las dos semanas anuales dedicadas a la elaboración de la sidra casi toda la planta alta se dedicaba a almacenar forraje para los animales criados en el establo inferior. Era también el granero familiar, donde se acumulaban las cosechas de mijo y trigo; estas en contenedores especiales, grandes muebles estancos de madera de hasta 50 fanegas de capacidad, con tapa a dos vertientes y los vértices enmarcados por acroteras de origen clásico, y con cerradura de llave y los bordes tallados con mondaduras. A diferencia de lo que ocurriría más adelante, en el camarote original de Igartubeiti no había compartimentaciones internas, ni tampoco diferencias de altura en el entarimado. Era un espacio unitario que se cerraba con tablas machihembradas en todas sus fachadas excepto, tal vez, una parte de la zaguera, y se cubría con una armadura de correas a dos aguas, con los faldones del tejado formados por largos cabrios de una sola pieza que volaban desde la cumbrera hasta el rafe del alero.